به موجب تبصره ماده ۳ قانون مبارزه با قاچاق کالا و ارز در تمام استان‌های سراسر کشور کمیسیونی زیر نظر ستاد تحت عنوان برنامه‌ریزی، هماهنگی و نظارت بر مبارزه با قاچاق کالا و ارز تشکیل می‌شود.
تبصره ماده 3 قانون مبارزه با قاچاق کالا و ارز:
کمیسیون برنامه‌ریزی، هماهنگی و نظارت بر مبارزه با قاچاق کالا و ارز در استان‌ها به ریاست استاندار و زیر نظر ستاد و حسب مورد با اعضای متناظر ستاد تشکیل می‌شود.
وظایف کمیسیون‌ها
به موجب ماده 5 پیش‌نویس آیین‌نامه اجرایی قانون مبارزه با قاچاق کالا و ارز فروردین 1393، وظایف کمیسیون‌های استانی عبارتست از:
1. برقراری هماهنگی بین رده‌های استانی دستگاه های عضو در راستای اجرای وظایف قانونی و مصوبات و تصمیمات ستاد.
2. نظارت و پیگیری اجرای وظایف قانونی، مصوبات و تصمیمات ستاد.
تبصره: دبیر کمیسیون‌های استانی به پیشنهاد استاندار و با حکم رییس ستاد منصوب می شود.
کمیسیون‌های برنامه‌ریزی، هماهنگی و نظارت بر قاچاق کالا و ارز استان‌های سراسر کشور در سه سطح طبقه‌بندی شده‌اند.
برخی شاخص‌های تعیین سطوح استانی عبارتند از:
1. موقعیت جغرافیایی استان
2. جمعیت
3. تعداد شهرستان‌ها
4. میزان آلودگی به قاچاق
5. نوع کالاهای قاچاق
6. محل دپو یا توزیع یا مصرف و یا ترانزیت کالاهای قاچاق
7. تعداد ایست و بازرسی‌ها، پاسگاه‌ها و گلوگاه‌ها
8. محورهای مواصلاتی و ترانزیتی استان
9. ظرفیت‌های اقتصادی استان
10. میزان فعالیت‌های اقتصادی
11. وضعیت اشتغال و ...
| سطح ویژه | سطح اول | سطح دوم | سطح سوم |
| تهران | آذربایجان غربی | اردبیل | ایلام |
| سیستان و بلوچستان | کرستان | آذربایجان شرقی | چهارمحال و بختیاری |
| هرمزگان | خوزستان | همدان | خراسان شمالی |
| بوشهر | کرمانشاه | اصفهان | سمنان |
| خراسان رضوی | مرکزی | قزوین | |
| کرمان | گیلان | کهگیلویه و بویراحمد | |
| فارس | یزد | گلستان | |
| البرز | خراسان جنوبی | لرستان | |
| مازندران | قم | ||
| زنجان | |||
| 4 استان | 8 استان | 10 استان | 9 استان |