به موجب ماده 2 پیش‌نویس آیین‌نامه اجرایی قانون مبارزه با قاچاق کالا و ارز فروردین 1393، به منظور تحقق اهداف ماده 3 قانون مبارزه با قاچاق کالا و ارز، وظایف ستاد عبارتند از:
1. تصمیم گیری در خصوص سیاست‌ها، اولویت‌ها، برنامه‌ها، پیشگیری و مبارزه با قاچاق کالا وارز، پیشنهادهای اعضاء و دستورالعمل‌ها، بخشنامه‌ها، شیوه نامه‌ها و روش‌های اجرایی مرتبط.
2. ارایه راهکارهای مناسب در راستای کاهش زمینه‌های قاچاق کالا و ارز.
3. تصمیم‌گیری در خصوص اعتبارات دستگاه‌های عضو در چارچوب قانون
4. بررسی راهکارهای پیشنهادی برای اصلاح و یا بهبود فرایندها و بسترهای تاثیرگذار بر حوزه قاچاق کالا و ارز اعم از اقتصادی، اجتماعی، امنیتی، فرهنگی و... در چارچوب این قانون و ارائه راهکارهای اجرایی مناسب به دولت.
همچنین بر اساس ماده 4 پیش‌نویس آیین‌نامه اجرایی قانون مبارزه با قاچاق کالا و ارز فروردین 1393، ستاد مرکزی برای انجام وظایف قانونی خود، دارای ساختار اداری متناسب به ریاست نماینده ویژه رییس جمهوری و رییس ستاد با شرح وظایف زیر است:
1. آسیب‌شناسی فرآیندها و روش‌های موجود در کلیه حوزه های مرتبط با قاچاق کالا و ارز به منظور ارائه راهکارهای اثربخش پیشگیری و مبارزه .
2. تهیه و تدوین پیش نویس سیاست‌ها، برنامه ها، قوانین و مقررات، آیین نامه‌ها و دستورالعمل‌ها در راستای اجرای وظایف قانون.
3. نظارت بر عملکرد دستگاه‌های ذی‌ربط در راستای اجرای برنامه‌های ستاد و تکالیف قانونی.
4. مدیریت راهبردی(کلان) و یک پارچه اطلاعات به منظور مبارزه مؤثر و همه جانبه با قاچاق کالا و ارز.
5. هماهنگی در ایجاد و بهره برداری از شبکه‌های هوشمند و امن تبادل داده و اطلاعات کالا و ارز بین دستگاه‌های عضو برای کنترل به هنگام مرزها و مسیرهای تردد، پایانه‌ها، مبادی ورود و خروج کالا و ارز و وسایل نقلیه هوایی، دریایی و زمینی.
6. تعیین اولویت‌های فرهنگی مبارزه به منظور افزایش کیفیت تولیدات داخلی و ارتقاء فرهنگ عمومی برای مصرف کالاهای تولید داخل و پرهیز از مصرف کالاهای قاچاق.
7. هماهنگی برای حمایت از تولید ملیّ و کیفی‌سازی آن، کار و سرمایه ایرانی در راستای راهبردهای ستاد.
8. هماهنگی و برنامه ریزی برای صیانت، ارتقای دانش و مهارت کارکنان دستگاه‌های متکفل در امر مبارزه با قاچاق کالا و ارز.
9. تعیین اولویت‌ها و برنامه‌ریزی در انجام امور پژوهشی و آموزشی، سنجش و ارزیابی علمی در حوزه‌های راهبردی، کاربردی، بنیادین، توسعه‌ای و آینده‌پژوهی.
10. تبادل اطلاعات علمی و تحقیقاتی با دانشگاه‌ها و مراکز علمی و تحقیقاتی معتبر داخل و خارج کشور و سایر دستگاه‌ها و سازمانها به منظور پیشبرد اهداف و برنامه‌های ستاد.
11. برآورد اعتبارات مورد نیاز حوزه مبارزه با قاچاق کالا و ارز به منظور تأمین اهداف این قانون و ارائه به دولت برای پیش‌بینی در بودجه سالانه کشور و انجام امور اجرایی مربوط به بودجه تخصیصی.
12. تهیه و برآورد وضعیت، حجم و آمار قاچاق کالا و ارز، تبادل آمار پایه اقتصادی با همکاری دستگاه‌های مربوطه و ایجاد بانک آمار و اطلاعات در حوزه قاچاق کالا و ارز و تهیه گزارش های آماری.
13. رصد و پیگیری پرونده‌های قاچاق کالا و ارز در مراجع ذی‌صلاح از مرحله کشف تا ختم دادرسی، صدور و اجرای حکم.
14. تشکیل کارگروه‌ها و کمیته‌های تخصصی مرکب از نمایندگان دستگاه‌ها و سازمان‌های عضو ستاد و سایر دستگاه‌ها و نهادهای مرتبط حسب مورد برای بررسی، تحلیل وضعیت و ارایه راهکارهای پیشنهادی.
15. برنامه‌ریزی و ارایه راهکارهای مناسب برای بهبود فرایندها، شاخص‌های تجاری و بسترهای لازم به منظور کاهش قاچاق کالا و ارز.
16. تصویب اولویت‌ها و برنامه‌های کمیسیون‌های استانی.
17. هماهنگی و بهره‌گیری از ظرفیت وزارت امور خارجه برای فعال‌سازی نظام دیپلماسی منطقه‌ای و جهانی در حوزه پیشگیری و مبارزه با قاچاق کالا و ارز.
تبصره: ساختار اداری موضوع این ماده به تایید رییس ستاد می‌رسد.