در پی صدور فرمان رهبر معظم انقلاب(مدظله‌العالی) در خصوص مبارزه با قاچاق کالا و ارز در تیرماه ۱۳۸۱، ایجاد کانون مرکزی مبارزه با قاچاق کالا و ارز در دستور کار دولت هشتم قرار گرفت.
تاریخچه
بعد از تصویب «قانون نحوه اعمال تعزیرات حکومتی راجع به قاچاق کالا و ارز» توسط مجمع تشخیص مصلحت نظام در تاریخ 1374.02.12، آیین‌نامه اجرایی آن توسط اداره کل امور مرزی وزارت کشور تهیه و به دولت ارائه شد که در نهایت پس از تشکیل جلسات مکرر در کمیسیون‌های تخصصی دولت، سرانجام در تاریخ 1379.03.29، در 35 ماده به تصویب هیات وزیران رسید.
در ماده 30 این آیین‌نامه آمده بود «به‌منظور برنامه‌ریزی، هدایت، سیاست‌گذاری، هماهنگی و نظارت در حوزه امور اجرایی مبارزه با قاچاق کالا و ارز، ستادی تحت عنوان ستاد مرکزی مبارزه با قاچاق کالا و ارز متشکل از وزیر کشور به عنوان رییس ستاد، وزیر اطلاعات، وزیر امور اقتصادی و دارایی و… تشکیل شود.» و در تبصره 2 همین ماده ذکر شده بود «دبیرخانه ستاد در وزارت کشور مستقر خواهد بود و تشکیلات سازمانی آن توسط وزیر کشور به تصویب خواهد رسید.» و در تبصره 3 به تشکیل کمیسیون مبارزه با قاچاق استان‌ها به ریاست استاندار یا معاون سیاسی و امنیتی استانداری صراحت داشت.
در همین رابطه در اجرای این ماده از آیین‌نامه، حجت الاسلام و المسلمین موسوی لاری، وزیر کشور وقت به عنوان رییس ستاد مرکزی مبارزه با قاچاق کالا و ارز، طی حکمی معاون امنیتی و انتظامی وقت (دکتر بلندیان) را به عنوان دبیر و مدیرکل امور مرزی وزارت کشور( آقاتقی) را به ریاست دبیرخانه ستاد منصوب کرد.
عملاً از تابستان سال 1379 ستاد مبارزه با قاچاق کالا و ارز شکل حقوقی و قانونی با شرح وظایف مشخص پیدا کرد و بعدها در سال 1383 با اصلاح آیین‌نامه، کلمه «وزیر کشور» حذف و «نماینده ویژه رییس جمهوری در ستاد» جایگزین آن شد.
با صدور فرمان رهبر معظم انقلاب(مدظله‌العالی) ابتدا دفتر این کانون در محل وزارت کشور تشکیل و پس از آن در سال 1383 در قالب یک ستاد زیرمجموعه نهاد ریاست جمهوری فعالیت خود را گسترش داد.
در سال 1383، محمدباقر قالیباف با حکم رییس جمهوری به عنوان رییس ستاد مرکزی مبارزه با قاچاق کالا و ارز منصوب شد. پس از وی در آبان‌ماه سال 1384، محمدرضا نقدی، ریاست ستاد را عهده‌دار شد. سپس در تیرماه سال 1386، غلامحسین الهام، جایگزین نقدی شد و پس از الهام در اواخر آذرماه 1388، سعید مرتضوی و پس از وی در تیرماه سال 1391، فداحسین مالکی به ریاست ستاد رسید. در مهرماه سال 1392، حبیب‌الله حقیقی مسؤولیت ریاست ستاد را بر عهده گرفت و پس از وی در تاریخ 27 اسفند 1396 علی مؤیدی خرم‌آبادی با حکم حسن روحانی، رییس محترم جمهوری، به عنوان رییس ستاد مرکزی مبارزه باقاچاق کالا و ارز انتخاب شد.
رؤسای ستاد از سال 1383 تا کنون
| رج | رؤسای ستاد | سال انتصاب | دبیر ستاد |
| 1 | محمدباقر قالیباف | 1383 | نادی |
| 2 | محمدرضا نقدی | 1384.8 | تقی زاده |
| 3 | غلامحسین الهام | 1386.4.11 | تقی زاده |
| 4 | سعید مرتضوی | 1388.9.26 | حسن وفایی |
| 5 | فداحسین مالکی | 1391.4.24 | |
| 6 | حبیب‌الله حقیقی | 1392.7.9 | |
| 7 | علی مؤیدی خرم‌آبادی | 1396.12.22 |